전북도는 해양수산부와 환경부, 농림부, 국토연구원과 전북발전연구원 등이 함께 참여하며 담수호 수질과 방조제 밖의 해양수질 문제에 중점을 둘 계획이다. 만경강, 동진강의 수질을 깨끗이 유지하기 위해 하수처리장 등 환경기초시설 확충과 축산분뇨처리, 친환경농업 등을 추진하고 만경강·동진강에서 흘러온 물이 새만금호에서 추가로 개선될 수 있도록 습지·저류지·침전지 등도 설치할 계획이다. 아울러 학계·연구소 등의 전문가의 연구용역 결과를 토대로 수질대책의 지속적인 보완대책도 강구할 방침이다.
농림부 또한 방조제 비탈면은 현행 콘크리트 대신 우리 꽃·잔디 등을 식재하고, 조망대도 설치하는 등 방조제와 그 주변을 다양한 친환경 관광·체험·휴식공간으로 보완·발전시켜 나간다는 구상이다.