전북도는 해양수산부와 환경부, 농림부, 국토연구원과 전북발전연구원 등이 함께 참여하며, 담수호 수질과 방조제 밖의 해양수질 문제에 중점을 둘 계획이다. 만경강·동진강의 수질을 깨끗이 유지하기 위해 하수처리장 등 환경기초시설 확충과 축산분뇨처리, 친환경농업 등을 추진하고, 만경강·동진강에서 흘러온 물이 새만금호에서 추가로 개선될 수 있도록 습지·저류지·침전지 등도 설치할 계획이다. 아울러 학계·연구소 등의 전문가의 연구용역 결과를 토대로 수질대책의 지속적인 보완대책도 강구할 방침이다. 농림부 또한 방조제 비탈 면은 현행 콘크리트 대신 우리 꽃·잔디 등을 식재하고, 조망대도 설치하는 등 방조제와 그 주변을 다양한 친환경 관광·체험·휴식공간으로 보완·발전시켜 나간다는 구상이다.